Ничего “интегрировать” не надо. Просто запустите *.exe файл. В большинстве дистрибутивов: щелкнуть правой кнопкой мыши → открыть с помощью → PortProton.
В открывшемся окне не забудьте ткнуть “Создать ярлык”.
Если программа (игра) лежит на NTFS, то может понадобиться правильное монтирование раздела. Что то типа
nosuid,nodev,nofail,uid=1000,gid=1000,umask=000
Но это немного выходит за рамки самого проекта, так что гугл в помощь.
